- Ce qui suit dévoile des moments clés de l’intrigue.
Max Payne est un honnête policier de New York travaillant à la DEA, une section consacré au trafic de Drogue pour laquelle il effectue fréquemment, dans le monde des dealers, des couvertures pour le compte de son ami Alex Bolder. Max est également marié à une femme qu'il adore qui vient de lui donner un Bébé. Habitué à faire des couvertures pour le compte de son ami Alex Bolder, un incorruptible, Max décide brusquement de raccrocher les planques suite à l'arrivée de son fils, ce qui dérange un peu Alex, qui avait prévu pour Max une nouvelle couverture dans le milieu mafieux. Tout semble survivre à cet homme intelligent et cultivé, qui est visiblement dans le rêve américain mais, comme il le dit lui-même, « les rêves peuvent basculer au cauchemar en une seule seconde ».
Un soir alors qu'il revient chez lui, il tombe sur des voyous sous l'emprise d'une nouvelle drogue, la Valkyrie (surnommée la V), qui viennent d'assassiner sans pitié sa famille. Perdant tout ce en quoi il croyait en "une minute new-yorkaise", Max décide maintenant de vivre pour la vengeance, et de trouver et de faire payer les assassins de sa famille. Il accepte alors la couverture d'Alex, pensant pouvoir retrouver ainsi les créateurs de la Valkyrie, qui sont incontestablement liés à ces deux meurtres.
Trois ans ont passé. Une tempête de neige s'abat avec fureur sur New York, mettant en effroi la ville. Les citoyens rentrent précipitamment chez eux, cherchant à fuir cet ouragan qui s'approche à toute allure. L'enquête de Max, ancré maintenant dans l'une des pires familles mafieuses, n'a pas réellement progressé, la DEA n'arrivant pas à trouver de preuves suffisantes. Max ignore toujours qui est la personne à l'origine de la Valkyrie, laquelle est maintenant la drogue la plus répandue dans les rues de la ville. Ses soupçons portent sur Jack Lupino, psychopathe aliéné croyant profondément à l'Enfer et aux sciences occultes, qui dirige la boîte de nuit le Ragna Rock, l'hôtel Lupino, et une famille mafieuse. Max est en général à l'hôtel Lupino, dirigé par les frères Finito, deux truands du dimanche, eux-mêmes chaperonnés par Vinnie Gognitti, une "petite frappe" qui est le bras droit de Jack Lupino, et est terrifié par ce dernier.
Les deux contacts à la DEA de Max Payne sont Alex Bolder et un certain B.B. Alors que la tempête s'abat, B.B. explique à Max qu'il doit rencontrer Alex à la station Roscoe Street, au coeur du Bronx. Max, qui n'a pas vu Alex depuis des mois, est enchanté, mais sans éprouver quelques appréhensions.
Lorsqu'il débarque à la station, Max tombe en plein braquage. Des tueurs ont pris possession de la station, et cherchent à braquer une banque en passant par les canalisations, les voies de métro désaffectées, et les égouts. Se faufilant un chemin au milieu de cette bande de truands, Max parvient à entrer dans la salle des coffres de la banque, où il découvre que les braqueurs n'ont volé que les fonds appartenant à l'organisation Aesir Corporation, jeune organisme, qui est devenue célèbre pour avoir si rapidement acquis la fortune. Max aura également une séance de téléphone avec le commissaire Jim Bravura, qui ne tardera pas à faire sortir le nom de Max Payne, et à en faire l'ennemi public numéro un. Max parvient néanmoins à retrouver Alex, qui lui explique que les hommes de Lupino sont responsables de ce qui se passe ici. Quelqu'un abat subitement et froidement Alex, sous les yeux de Max, impuissant.
Max réussit enfin à sortir, et se rend à l'hôtel Lupino, plutôt morose. Il vient de perdre un vieil ami, mais son Calvaire ne fait que commencer. Les frères Finito se mettent à le canarder, ayant appris que Max était un flic de la DEA, ce qui laisse penser qu'une taupe se trouverait parmi les rangs de la police. Max n'a cependant pas trop le temps d'y réfléchir, devant affronter une armée de tueurs avant de ressortir tant bien que mal de l'hôtel. Une série de bombes explosent alors dans le quartier, oeuvre de Vladimir Lem, chef de la Mafia Russe, en guerre avec la Mafia et qui a pour habitude d'utiliser des explosifs. Max décide de rendre une petite visite à Vinnie Gognitti, en changeant de méthode: plus d'Infiltration et d'opérations lentes et minutieuses, il est dans un lieu où la dignité humaine n'existe pas, et où il deviendra un tueur sans pitié. Son objectif: trouver Lupino.
Traqué par la police, il se retrouve piégé dans un immeuble désaffecté, averti de la présence de la police new-yorkaise et de Jim Bravura par un coup de téléphone d'un certain Alfred Woden. Max échappera cependant sans peine aux forces de l'ordre, et retrouvera Vinnie dans un immeuble en ruines truffé de bombes. Au terme d'une courte fusillade, Vinnie prendra la fuite. S'ensuivra une longue et trépidante poursuite sur les toits enneigés de la ville, la police, impuissante, se contente de ramasser les cadavres que laisse Max Payne dans son sillon. Finalement, Max parviendra à coincer Vinnie, l'abandonnant blessé dans une ruelle avant de se rendre au Ragna Rock, où se cache Lupino.
Le Ragna Rock est une Boîte de nuit sordide ressemblant à une église délabrée et maudite, où les démons et autres monstres de nuit ne sont autres que des gangsters défoncés au V (la Valkyrie). Max affrontera ici une armée de tueurs, jusqu'à atteindre Lupino, en apprenant toujours un peu plus sur l'homme au cours de son périple. Jack Lupino est un véritable cinglé, décrit par Max comme un nouveau Faust, « prêt à vendre son âme au Diable en échange de la fortune et de la gloire ». Son règne apocalyptique s'achèvera cependant rapidement, Max parvenant à l'abattre après une lutte endiablée.
Il rencontrera alors Mona Sax, jumelle de la femme de Don Punchinello, le Don de la Mafia. Mona, soeur de Lisa Punchinello, doublera rapidement Max Payne en lui faisant boire un liquide contenant des somnifères.
Max se réveillera dans les sous-sols de l'hôtel Lupino, tabassé par Frankie Niagara, un gangster de service. Max parviendra cependant à se libérer, et à tuer Niagara, puis à s'échapper. Il apprendra par radio que la police le considère maintenant comme un cadavre, croyant que son corps se trouve parmi les nombreux cadavres des toxicomanes retrouvés au Ragna Rock. Il apprendra également que les mafieux qui l'ont retrouvé au Ragna Rock ont également capturé Mona Sax, mais qu'elle se trouve au Manoir de Don Punchinello, entre les mains du Trio, les trois gorilles du Don, ses gardes du corps.
Dans les rues de la ville, la vendetta de Max semble alors s'arrêter. Lupino n'était pas la bonne cible, il ne reste plus que Punchinello. Mais, dans son manoir, l'homme est inattaquable. C'est finalement Vladimir Lem qui lui offrira une piste: les quais de Brooklyn, où Punchinello attend une importante livraison d'armes de la part de Boris Dime, ancien gangster travaillant pour Lem qui, avec son équipage, a retourné sa veste, choisissant de travailler pour Punchinello, présentant des oeuvres plus alléchantes que le Russe. Comprenant que si jamais Punchinello disposait de ce stock d'Armes important, ce serait la fin, Max attaque directement le Charon, le bateau de Dime, massacre tout son équipage, et abat ce dernier, puis s'empare de nombreuses Armes. Il dispose maintenant d'un atout dans sa manche: les Armes de Punchinello, et décide d'organiser un deal dans le restaurant de Punchinello. Le rendez-vous est cependant un piège, le restaurant ayant été rempli d'essence préalablement. Max survit de peu aux flammes et aux tueurs du Don, et décide d'appliquer le plus vieux principe de vengeance : oeil pour oeil, dent pour dent. Suivant cette méthode, Max se rend au manoir, conduit par Lem.
Punchinello a pour sa défense une armée de tueurs, en plus du Trio, qui patrouille dans les allées du manoir. Max décide d'entrer par la cave, où il tombe sur une série de cadavres signés Mona Sax, qui a apparemment réussi à s'échapper, et à fuir du manoir. Max n'a cependant pas l'intention de fuir, et avance jusqu'au bureau de Punchinello, au bout du manoir, défiant la centaine de gangsters le protégeant, et en terminant avec le Trio. Max recevra entre-temps un appel du mystérieux Alfred Woden, l'avertissant de la présence d'un Hélicoptère qui vient d'atterrir dans le jardin. Il trouvera également la soeur jumelle de Mona Sax, battue à mort par son mari.
Finalement, le flic déchu parviendra jusqu'au bureau du plus gros criminel de la ville. Des tueurs en costume armés de Colt Commando débarqueront alors, et transformeront Punchinello en gruyère, mettant fin à sa carrière. Max tombera alors sur la créatrice du Valkyrie, une mystérieuse femme mortelle qui lui injectera une piqûre de V dans les veines avant de partir pour Cold Steel.
Pour Max commence alors une pénible lutte psychologique contre le Valkyrie et l'overdose qui le guette, dans un Cauchemar glauque qui le ramène toujours en arrière, à cette fin de soirée, où tout avait basculé… Il parviendra en même temps à s'échapper du manoir de Punchinello, incendié par la mystérieuse Sorcière. Max parviendra finalement à sortir de l'emprise de la drogue, et décidera de se rendre à Cold Steel. Il ignore encore le lien plutôt lointain entre cette Drogue et sa famille massacrée.
Il en sait juste un peu plus sur l'organisation: Punchinello était l'homme qui répandait la Valkyrie dans toute la ville, ce qui faisait un business très lucratif, vu le nombre d'"adeptes". La mystérieuse femme aux talons aiguilles était la fabricante. Max ignore où la trouver, mais il connaît une adresse: la fonderie abandonnée de Cold Steel.
A l'intérieur, l'ancien Agent de la DEA poursuivra sa vendetta en affrontant de mystérieux commandos, jusqu'à parvenir à un ascenseur qui l'emmènera dans un bunker souterrain construit par l'armée américaine, et qui, selon toute évidence, est lié à la Valkyrie. La preuve: un logo représentant la Valkyrie sur le sol. Ses réponses sont là. Malheureusement, le temps joue contre lui. Toutes les preuves pouvant inculper la femme sont présentes ici, l'endroit a donc été dynamité, et risque de disparaître à tout moment. Ceci ne ralentit cependant pas Max, qui apprend vite la raison d'être de ce lieu, et toute la vérité.
A l'origine, la Valkyrie était une Drogue militaire destiné à stimuler et à améliorer le moral des soldats durant la Guerre du Golfe. Ce projet fut appelé Projet Valhalla. Ce bunker souterrain avait été créé dans le but de créer la Drogue en question. La réalisation se prolongeant pendant des années, le gouvernement américain décida d'arrêter ce projet, et cessa de donner des fonds à l'équipe scientifique qui y travaillait. Malheureusement, quelqu'un - la mystérieuse femme qui s'était débarrassé de Punchinello - avait décidé de poursuivre, mais pas pour les mêmes raisons qu'à l'origine… Plusieurs sujets d'études furent ainsi créés, des hommes à qui on avait injecté la Valkyrie. Il ne restait plus qu'à tester leur comportement en milieu urbain, c'est-à-dire en les libérant dans la nature. Similairement, Michelle Payne apprit l'existence de la continuation du Projet Valhalla, et tenta d'en parler au Procureur. Malheureusement, ses investigations n'échappèrent pas à la sorcière, qui décida de faire d'un pierre deux coups. Primo, tester ses sujets en les envoyant attaquer une famille new-yorkaise et voir s'ils rempliraient leurs objectifs. Secundo, se débarrasser d'une femme gênante qui en savait un peu trop. Le projet marcha à merveille, peut-être même trop bien, car il provoqua la fureur et la haine d'un simple flic new-yorkais qui, trois longues années plus tard, découvrit le pot-aux-roses dans un bunker en démolition. Le fait est qu'il ne fut pas le seul à découvrir cela : Alex Bolder, son ancien collègue, avait également découvert la vérité, ce qui explique pourquoi il fut abattu par un mystérieux tueur à Roscoe Street. Le braquage de Lupino n'était qu'une couverture, destiné à camoufler le meurtre de Bolder, en faisant passer ça pour une coïncidence malheureuse. Horrifié, Max parvint finalement à s'enfuir de la Fonderie en flammes, toutes les preuves pouvant inculper la mystérieuse sorcière partis en fumée.
Sans réelle piste, Max se retrouve dans un café , où il reçoit un appel de B.B., son deuxième contact à la DEA. Il comprend alors que B.B. est un ripoux, qui travaille pour ses ennemis, et qu'il a tué Bolder, et vendu Max à Vinnie Gognitti et aux frères Finito. Max décide de régler ses comptes, et retrouve B.B. ainsi qu'une armée de gangsters le protégeant sur le toit d'un parking aérien. En voyant les tenues chics, la montre en or et le sourire hypocrite de B.B., Max comprend qu'il a raison, et affronte avec hargne B.B. et ses hommes dans le parking aérien, jusqu'à finalement s'en débarrasser. Entre-temps, la police new-yorkaise a rendu responsable Max de l'incendie du manoir Punchinello, renforçant la conviction de Bravura pour l'arrestation de cet homme, devenu l’ennemi public numéro un. Progressivement dans la ville, certains hommes commencent à émettre des hypothèses selon lesquels Max Payne ne ferait que du bien à la ville, en la débarrassant de bon nombre de ces tueurs et criminels notoires.
Alfred Woden refera alors son apparition, en invitant Max à le rejoindre à l'immeuble Asgard, pour en savoir plus. À l'immeuble, Max apprend encore plus de choses sur l'affaire Valkyrie.
Woden fait parti d'un organisme ultra-secret et extrêmement puissant appelé le cercle des Initiés. Il s'agit d'une organisation de l'ombre, puissante, qui est lié dans de nombreux complots et "projets secrets" de l'état américain, comme le Projet Valhalla. Sans expliquer clairement leur implication dans ce projet, le cercle des Initiés explique néanmoins que la mystérieuse femme s'appelle Nicole Horne, et dirige Aesir Corporation, une organisation surpuissante qui s'est rapidement enrichi grâce à la Valkyrie, déchaînant l'admiration des médias. Maintenant, Horne est très influente, très puissante, et donc très dangereuse. Woden explique qu'ils ne peuvent rien faire contre Horne, que le cercle des Initiés a les mains liés. Ils ont besoin que Max élimine Nicole Horne. En échange de ce service, Woden explique qu'il lèvera les charges qui pèsent contre Max Payne. Les tueurs de Horne débarquent alors dans la salle de réunion, et massacrent à coups de mitraillettes les membres du Cercle des Initiés. Max Payne réussit à survivre en sautant par la fenêtre, et se rendra progressivement compte en errant dans l'immeuble Asgard à la recherche de la sortie que Woden n'est pas non plus un gentil.
Max se souvient de Candy Dawn, une prostituée dopée au V qui vivait à l'hôtel Lupino, et avait pour habitude de filmer ses clients, afin de leur revendre ensuite la bande, en menaçant de la divulguer. La plupart de ses clients ayant une renommée prestigieuse, cette cassette serait très compromettante pour eux. Max trouve ce genre de cassette compromettante dans le bureau de Woden, et assiste dans la salle de sécurité au réveil miraculeux de Woden, sourire aux lèvres au milieu de tous ces confrères décédés. On ignore pourquoi Woden avait laissé ses camarades mourir. On ne peut que supposer que Woden cherchait à prendre le pouvoir et le contrôle absolu du cercle des Initiés en tuant tous les autres membres de leur conseil. Il laissera également des petits cadeaux à Max: les plans du building d’Aesir Corporation.
Payne parvint à s'échapper du building, et part lentement à travers toute la ville vers le siège social de Aesir Corporation. La bataille finale a maintenant lieu, et Max Payne n'a plus rien à perdre.
Après des combats fulgurants dans le bâtiment de Aesir corporation Max trouvera le corps de Mona Sax dans la cage d'ascenseur, mais sera interrompu par d'autres gardes du corps. l'ascenseur se fermera et lorsque Max reviendra l'ouvrir, le corps aura disparu.
Lors de l'affrontement final, Max fait tomber le pilier au sommet de la tour d'Aesir Corporation sur l'hélicoptère de la sorcière qui tentait de s'enfuir. Max se laisse ensuite docilement arrêter par le NYPD.